مدلسازی همسانی ساختار سه‌بعدی پروتئین هدف را بر اساس شباهت بین الگو و دنباله‌های هدف به دست می‌آورد. مانند GPCR به سختی متبلور می شوند زیرا درک بالاتری از …
مدل سازی همسانی چیست و چرا به آن نیاز است؟
1.2.
مدلسازی هومولوژی دقیق‌ترین روش محاسباتی برای ایجاد مدل‌های ساختاری قابل اعتماد است و معمولاً در بسیاری از کاربردهای بیولوژیکی استفاده می‌شود. مدلسازی همسانی ساختار سه‌بعدی یک پروتئین پرس و جو را از طریق هم‌ترازی توالی پروتئین‌های الگو پیش‌بینی می‌کند.
اصل مدلسازی همسانی چیست؟
مدلسازی هومولوژی همچنین به عنوان مدلسازی مقایسه‌ای شناخته می‌شود که ساختارهای پروتئینی را بر اساس همسانی توالی با ساختارهای شناخته شده پیش‌بینی می‌کند. این بر این اصل استوار است که " اگر دو پروتئین شباهت توالی به اندازه کافی بالا داشته باشند، احتمالاً ساختارهای سه بعدی بسیار مشابهی خواهند داشت. "
چه چیزی یک مدل سازی همسانی خوب را می سازد؟
اگر یک "مدل همسانی بسیار موفق" را به‌عنوان مدلی تعریف کنیم که دارای <=2 Å rmsd از ساختار تجربی است، پس الگو باید دارای >=60% هویت توالی با هدف برای موفقیت باشد. نرخ >70% حتی در هویت‌های توالی بالا (95%-60%)، از هر ده مدل همسانی، یکی دارای rmsd >5 Å در مقابلاست.
کدامیک از موارد زیر در مورد مدلسازی همسانی درست است؟
توضیح: همانطور که از نام پیداست، مدلسازی همسانی ساختارهای پروتئینی را بر اساس همسانی توالی با ساختارهای شناخته شده پیش‌بینی می‌کند مدلسازی همسانی یک مدل تمام اتمی را بر اساس هم‌ترازی با پروتئین‌های الگو تولید می‌کند.… خطاهای ایجاد شده در مرحله تراز کردن را نمی توان در مراحل مدل سازی زیر اصلاح کرد.
